Carte postale ancienne figurant l'église Saint-Jean-Baptiste de Neuilly.
Offerte par un gentilhomme champenois, Jean-Baptiste de Chantemerle, une chapelle dédiée à saint Jean-Baptiste fut érigée à cet emplacement vers 1540[1].
Elle est plus tard remplacée par une église, ouverte au culte en 1779. En 1790, elle accueille la réunion du premier conseil municipal. À nouveau pour être agrandie, elle est démolie en 1827 et reconstruite par Jacques Molinos, puis achevée en 1828-1831 par son fils Auguste Isidore Molinos. Puis faisant suite à des malfaçons, elle fut reprise entre 1844 et 1846 avec la construction du presbytère, reconstruit en 1904. Le plafond de la nef et la coupole de la croisée furent refaits en 1869 par l'architecte communal Charles Jules Simonet. Le bâtiment va subir les affres de la guerre de 1870. Elle perdra entre 1897 et 1911 son titre d'église paroissiale qu'elle détenait depuis 1794, au profit de celle de Saint-Pierre. Elle est rénovée de 1911 à 1918, grâce à l'abbé Salomon[1].
L'église possède deux orgues : un orgue de choeur Cavaillé-Coll de 1865 et un grand orgue. Le second est construit en 1873 par Eugène et John Abbey. Entre 1937 et 1938, il est rénové par Pleyel, qui installe un système de transmission électronique-peunmatique. En 1971, il est reconstruit par Jean Bourgarel, qui modifie son esthétique et qui installe d'un système électro-pneumatique. En 1992, il est partiellement électrifié et on y installe une console moderne. Inactif depuis 2014, il est rénové à Barcelone par la manufacture G. Grenzing en 2024-2025. Il compte aujourd’hui 2468[Quoi ?] d'étain et de bois[2]. Le compositeur Olivier d’Ormesson est l’organiste titulaire de l’église.
En 2025, le parquet de 400 m², inchangé depuis la construction de l'église, est remplacé. Par ailleurs est restauré un portrait de la Vierge à l'Enfant et saint Jean-Baptiste, datant du XVIIe siècle, d’après un dessin attribué à Raphaël, classé au titre des monuments historiques[3]. En 2025-2026 ont lieu des travaux de réaménagement de l'esplanade devant l'église[4].
Le maître-autel est enrichi d'éléments de la fin du XVIIe siècle venant d'un ancien retable. Des peintures de l'Ancien Régime sont classées au titre des monuments historiques. Celle du maître-autel, entourée de deux statues d'ange, figure la crucifixion[1].
Les fonts baptismaux, du XVe siècle, proviennent de l'ancienne église Saint-Martin de Villiers-la-Garenne, mise en vente et rasée en 1795.
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